Anwender von HELIUM V / Helium 5 konnten / können zwei Arten von Datenbanken verwenden. Einerseits die auch vom Kieselstein ERP verwendete PostgresQL Datenbank und andererseits die Lizenzkostenpflichtige Microsoft SQL Datenbank.
Im Kieselstein ERP steht nur mehr die Open Source Datenbank PostgresQL zur Verfügung.
Für Umsteiger steht als Mitglied der Kieselstein ERP eG ein Übertragungstool zur Verfügung, welches einmalig die Daten, sowohl der ERP Datenbank als auch der sogenannten Dokumentendatenbank von MS-SQL in die PostgresQL ermöglicht.